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综合实力上看，北大医学部最好，其次是协和医学院，清华大学医学院。
北大医学部前身是北京医科大学，是国内学科布局全面的综合性医学院。更早则是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府教育部依靠中国自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立学校。
而协和医学院是精英型医学院校。学校前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年，改称协和医学校。1917年，成立北京协和医学院。知名度最高，声誉最好，但规模较小。以前大学合并潮时，协和医学院曾经与清华大学合并过，但协和医学院保留了较大自主权，因此后来也主动脱离了清华大学。
在合并协和医学院没有成功后，清华大学选择了自主建设医学院，所以清华大学医学院的实力、声誉和北京大学医学部、协和医学院相差很远。清华大学医学院是从零开始起步的，完全靠清华大学的牌子发展，但医学学科底蕴很重要，清华大学医学院任重道远。
如果要选择学医，首选当然是协和医学院，然后是北京大学医学部，清华大学医学院只是看在清华大学的牌子上才会成为选项，其他传统知名医学院如四川大学华西医学院，中南大学湘雅医学院，山东大学齐鲁医学院，也都比清华大学医学院强多了。
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